内部控制审计与财务报表审计之间存在多方面的共同点，例如：
（一）两者的终极目的一致。虽然各有侧重，但终极目的都是提高财务报表预期使用者对财务报表的信赖程度。
（二）两者都采用风险导向审计方法。注册会计师首先实施风险评估程序，识别和评估财务报表重大错报风险（包括由于舞弊导致的重大错报风险），在此基础上，针对评估的重大错报风险，通过设计和实施恰当的应对措施，获取充分、适当的审计证据。
（三）两者运用的重要性水平相同。注册会计师在财务报表审计中运用重要性水平，旨在计划和执行财务报表审计工作，评价识别出的错报对审计的影响以及未更正错报对财务报表和审计意见的影响，以对财务报表整体是否不存在重大错报获取合理保证；注册会计师在内部控制审计中运用重要性水平，旨在计划和执行内部控制审计工作，评价识别出的内部控制缺陷单独或组合起来是否构成内部控制重大缺陷，以对被审计单位是否在所有重大方面保持了有效的内部控制获取合理保证。由于内部控制的目标是合理保证财务报告及相关信息的真实、完整，因此对于同一财务报表，在两种审计中运用的重要性水平应当相同。
（四）两者识别的重要账户、列报及其相关认定相同。注册会计师在识别重要账户、列报及其相关认定时应当评价的重大错报风险因素对于内部控制审计和财务报表审计而言是相同的，因此对于同一财务报表，在两种审计中识别的重要账户、列报及其相关认定应当相同。
（五）两者了解和测试内部控制设计和运行有效性的基本方法相同，都可能实施询问、观察、检查以及重新执行等程序。